Die UNIKA wurde im Oktober 2001 gegründet. Den Vorsitz nimmt Olaf Feuerborn, Deutscher Bauernverband, gemeinsam mit seinem Stellvertreter Leo von Kameke, Bundesverband Deutscher Pflanzenzüchter, wahr. Der weitere Vorstand repräsentiert weitere Sparten der Wertschöpfungskette.
Als Beratungsgremium des Vorstandes fungiert der Beirat. Er erarbeitet Empfehlungen zu aktuellen Themen sowie zukünftigen Arbeitsschwerpunkten. Ihm gehören neben Experten aus der Praxis und Verbänden auch Vertreter aus der Wissenschaft, Ministerien und Verwaltung an.
Ein breites Informationsspektrum bieten die vier Fachkommissionen, die für die Bereiche Pflanzgut, phytosanitäre Fragen, Qualitätssicherung und Handelsfragen sowie Technik der Kartoffelwirtschaft fest etabliert sind.